S piškotki izboljšujemo vašo uporabniško izkušnjo. Z uporabo naših storitev se strinjate z uporabo piškotkov. V redu Piškotki, ki jih uporabljamo Kaj so piškotki?
Domov > O INŠTITUTU > Novice > Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerza v Ljubljani, Rezultati testiranja 386 vzorcev odvzetih med 08. 02. 2021 in 14. 02. 2021

Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerza v Ljubljani, Rezultati testiranja 386 vzorcev odvzetih med 08. 02. 2021 in 14. 02. 2021

Ljubljana, 24. 2. 2021

Od začetka oktobra 2020 redno in sistematično spremljamo pojav in razvoj novih različic SARS-CoV-2 v drugem valu epidemije. Razvili smo originalni algoritem presejanja, ki temelji na sekveniranju, in omogoča hkratno zaznavo vseh znanih pomembnih mutacij, prisotnih v znanih svetovnih različicah virusa SARS-CoV-2 z možnim večjim pandemijskim potencialom in različicah, ki povzročajo slabšo učinkovitost trenutnih cepiv. Naš algoritem omogoča tudi prilagoditev za presejanje novih kandidatnih klinično pomembnih mutacij.

V sedmo presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 drugega vala epidemije z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili skupno 386 vzorcev (22,2 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 08. 02. 2021 in 14. 02. 2021. Izmed teh je bilo 65 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 12 % iz Goriške regije, 5 % iz Obalno-kraške, po 4 % iz Jugovzhodne in Zasavske regije, po 2% iz Posavske in Primorsko-notranjske regije ter po 1 % iz Gorenjske, Podravske, Pomurske in Savinjske regije. 5 vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.

Poleg do sedaj v Sloveniji dokazanih genetskih različic virusa SARS-CoV-2, smo tokrat prvič zaznali in potrdili tudi vzorce iz genetske linije A.27, ki je najbolj razširjena v francoski čezmorski skupnosti Mayotte, zabeležili pa so jo tudi v Združenem kraljestvu, na Nizozemskem, Danskem in v Turčiji.

Angleška različica

Angleška različica (VOC 202012/01 - B.1.1.7) vsebuje naslednje značilne mutacije: del69-70, del144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 202012/01 - B.1.1.7, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.

V sedmem presejalnem obdobju smo našli vse mutacije značilne za angleško različico v 10 skupinah vzorcev. Večina značilnih mutacij se še vedno pojavlja v nizkih deležih, torej so pozitivni samo posamezni vzorci v vsaki skupini.

Z dodatnim presejalnim testom za mutacijo N501Y smo znotraj 10 pozitivnih skupin (344 vzorcev) ugotovili 24 posameznih vzorcev pozitivnih na mutacijo N501Y, pri katerih bomo v naslednjem tednu določili celoten genom virusa in s tem potrdili ali ovrgli prisotnost angleške različice virusa.

Do sedaj smo angleško različico virusa (VOC 202012/01 - B.1.1.7) potrdili pri skupno 28 osebah. Sedem oseb je imelo jasno epidemiološko anamnezo za potencialni vnos angleške različice v Slovenijo (tabela spodaj).

Poleg tega, smo do 07.02.2021 angleško različico virusa dokazali še pri 21 osebah iz osrednjeslovenske, obalno-kraške in goriške regije (graf spodaj), ki niso imeli jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine in so se z angleško različico verjetno okužili v Sloveniji.

Južnoafriška različica

Južnoafriška različica (VOC 501Y.V2 - B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: D80A, D215G, del242-245, R246I, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 501Y.V2 - B.1.351, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli. Za južnoafriško različico (VOC 501Y.V2 - B.1.351) značilne mutacije se v Sloveniji zaenkrat pojavljajo le posamično v različnih kliničnih vzorcih in v zelo nizkih deležih.

Brazilska različica

Brazilska različica (IC-0561 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico IC-0561 – P.1, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli. Za brazilsko različico (IC-0561 – P.1) značilne mutacije se v Sloveniji zaenkrat pojavljajo le v zelo nizkih deležih, in v različnih kliničnih vzorcih.

---
PDF: Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerza v Ljubljani, Rezultati testiranja 386 vzorcev odvzetih med 08. 02. 2021 in 14. 02. 2021

V ŠTEVILKAH

NOVE PREISKAVE

15

v letu 2014

11

v letu 2015

13

v letu 2016

NAŠA MOČ

7

profesorjev

36

doktorjev znanosti

149

zaposlenih

OBJAVLJENI ZNANSTVENI ČLANKI - SCI

63

v letu 2016

46

v letu 2017

KONTAKT

Univerza v Ljubljani | Medicinska fakulteta
INŠTITUT ZA MIKROBIOLOGIJO IN IMUNOLOGIJO
Zaloška 4,1000 Ljubljana

T: 01 543 74 00 | F: 01 543 74 01
E: imi.info@mf.uni-lj.si

KATEDRA ZA MIKROBIOLOGIJO IN IMUNOLOGIJO
T: 01 543 74 08
E: imi.katedra@mf.uni-lj.si

CERTIFIKATI KAKOVOSTI

Copyright 2001-2021 IMI. Vse pravice pridržane.