S piškotki izboljšujemo vašo uporabniško izkušnjo. Z uporabo naših storitev se strinjate z uporabo piškotkov. V redu Piškotki, ki jih uporabljamo Kaj so piškotki?
Domov > O INŠTITUTU > Novice > Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerza v Ljubljani Rezultati testiranja 576 vzorcev odvzetih med 01. 02. 2021 in 07. 02. 2021

Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerza v Ljubljani Rezultati testiranja 576 vzorcev odvzetih med 01. 02. 2021 in 07. 02. 2021

Ljubljana, 17. 2. 2021

Od začetka oktobra 2020 redno in sistematično spremljamo pojav in razvoj novih različic SARS-CoV-2 v drugem valu epidemije. Razvili smo originalni algoritem presejanja, ki temelji na sekveniranju, in omogoča hkratno zaznavo vseh znanih pomembnih mutacij, prisotnih v znanih svetovnih različicah virusa SARS-CoV-2 z možnim večjim pandemijskim potencialom in različicah, ki povzročajo slabšo učinkovitost trenutnih cepiv. Naš algoritem omogoča tudi prilagoditev za presejanje novih kandidatnih klinično pomembnih mutacij.

V šesto presejalno sekveniranje virusih različic SARS-CoV-2 drugega vala epidemije z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili skupno 576 vzorcev (26,5 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 01. 02. 2021 in 07. 02. 2021. Od tega je bilo 62 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 12 % iz Goriške regije, 5 % iz Zasavske regije, po 3,5 % iz Jugovzhodne, Obalno-kraške regije, Primorsko-notranjske, Gorenjske in Posavske regije ter po 1 % iz Podravske, Pomurske in Savinjske regije. 16 vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.

Angleška različica

Angleška različica (VOC 202012/01 - B.1.1.7) vsebuje naslednje značilne mutacije: del69-70, del144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različicoVOC 202012/01 - B.1.1.7, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.

V zadnjem presejalnem obdobju smo našli vse mutacije značilne za angleško različico v 13 skupinah vzorcev, zaradi česar sklepamo, da se angleška različica virusa SARS-CoV-2 širi. Kljub temu, se večina mutacij še vedno pojavlja v nizkih deležih, torej so pozitivni samo posamezni vzorci v vsaki izmed skupin.

Z dodatnim presejalnim testom za mutacijo N501Y smo znotraj 17 pozitivnih skupin (556 vzorcev) ugotovili 25 posameznih potencialnih vzorcev, pri katerih bomo v naslednjem tednu določili celoten genom virusa in s tem potrdili ali ovrgli prisotnost angleške različice virusa.

Do sedaj smo angleško različico virusa (VOC 202012/01 - B.1.1.7) potrdili pri petih osebah, ki pa so pozitivno epidemiološko anamnezo za potencialni vnos angleške različice v Slovenijo (tabela spodaj).

Južnoafriška različica

Južnoafriška različica (VOC 501Y.V2 - B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: D80A, D215G, del242-245, R246I, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 501Y.V2 - B.1.351, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli. Za južnoafriško različico (VOC 501Y.V2 - B.1.351) značilne mutacije se v Sloveniji zaenkrat pojavljajo le posamično v različnih kliničnih vzorcih in v zelo nizkih deležih. Pogosteje kot v prejšnjih presejalnih obdobjih, a še vedno le v posameznih vzorcih, smo tokrat zaznali mutacijo E484K.


Brazilska različica

Brazilska različica (IC-0561 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico IC-0561 – P.1, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli. Za brazilsko različico (IC-0561 – P.1) značilne mutacije se v Sloveniji zaenkrat pojavljajo le v zelo nizkih deležih, in v različnih kliničnih vzorcih. Pogosteje kot v prejšnjih presejalnih obdobjih, a še vedno le v posameznih vzorcih, smo tokrat zaznali mutacijo E484K. 

---
PDF: Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerza v Ljubljani   Rezultati testiranja 576 vzorcev odvzetih med 01. 02. 2021 in 07. 02. 2021

V ŠTEVILKAH

NOVE PREISKAVE

15

v letu 2014

11

v letu 2015

13

v letu 2016

NAŠA MOČ

7

profesorjev

36

doktorjev znanosti

149

zaposlenih

OBJAVLJENI ZNANSTVENI ČLANKI - SCI

63

v letu 2016

46

v letu 2017

KONTAKT

Univerza v Ljubljani | Medicinska fakulteta
INŠTITUT ZA MIKROBIOLOGIJO IN IMUNOLOGIJO
Zaloška 4,1000 Ljubljana

T: 01 543 74 00 | F: 01 543 74 01
E: imi.info@mf.uni-lj.si

KATEDRA ZA MIKROBIOLOGIJO IN IMUNOLOGIJO
T: 01 543 74 08
E: imi.katedra@mf.uni-lj.si

CERTIFIKATI KAKOVOSTI

Copyright 2001-2021 IMI. Vse pravice pridržane.