S piškotki izboljšujemo vašo uporabniško izkušnjo. Z uporabo naših storitev se strinjate z uporabo piškotkov. V redu Piškotki, ki jih uporabljamo Kaj so piškotki?
Domov > O INŠTITUTU > Novice > Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani, Rezultati testiranja 573 vzorcev odvzetih med 15. 03. 2021 in 21. 03. 2021

Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani, Rezultati testiranja 573 vzorcev odvzetih med 15. 03. 2021 in 21. 03. 2021

Ljubljana, 1. 4. 2021

V dvanajsto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 drugega vala epidemije z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili skupno 573 vzorcev (25 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 15. 03. 2021 in 21. 03. 2021. Izmed teh je bilo 61 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 16 % iz Goriške regije, 8 % iz Zasavske regije, 4 % Jugovzhodne regije, po 2 % iz Obalno-kraške, Gorenjske, Posavske, Pomurske, Primorsko/notranjske in Savinjske regije. Sedem vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.
Na sliki spodaj je v absolutnih številkah prikazana razporeditev posameznih genetskih različic opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma iz vzorcev vključenih v presejalno sekveniranje.

Genetska različica A.27
Za genetsko različico A.27 so značilne mutacije: L18F, L452R, N501Y, A653V, H655Y, D796Y, G1219V. Različica je najbolj razširjena v francoski čezmorski skupnosti Mayotte, zabeležili pa so jo tudi v Združenem kraljestvu, na Nizozemskem, Danskem in v Turčiji. Do sedaj smo potrdili različico A.27 v skupno 23 vzorcih iz Osrednjeslovenske in Jugovzhodne regije.

Genetska različica B.1.525
Za genetsko različico B.1.525 sta značilni mutaciji: del69-70 in E484K. Različica je najbolj razširjena na Danskem, v Združenem kraljestvu, Nigeriji in v Združenih državah Amerike. Do sedaj smo potrdili različico B.1.525 v skupno 22 vzorcih iz Osrednjeslovenske, Jugovzhodne in Savinjske regije.

Angleška različica VOC 202012/01 - B.1.1.7
Angleška različica (VOC 202012/01 - B.1.1.7) vsebuje naslednje značilne mutacije: del69-70, del144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 202012/01 - B.1.1.7, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.

V dvanajstem presejalnem obdobju smo našli vse mutacije značilne za angleško različico v vseh skupinah vzorcev. Deleži posameznih mutacij se v zadnjem presejalnem obdobju gibljejo od med 30 – 50 %.

Delež angleške različice med vzorci, vključenimi v presejalno sekveniranje, narašča in je v dvanajstem presejalnem obdobju dosegel 44 % vseh vključenih vzorcev, kar je prikazano na sliki spodaj.

Južnoafriška različica VOC 501Y.V2 - B.1.351
Južnoafriška različica (VOC 501Y.V2 - B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 501Y.V2 - B.1.351, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.

 

 

V dvanajstem presejalnem obdobju nismo potrdili južnoafriške različice v presejalnem NGS testiranju. Skupno smo do sedaj dokazali južnoafriško različico pri 23 osebah, od katerih jih 21 nima jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine. Ena oseba je pripotovala iz Tanzanije in ena iz Zanzibarja.

Brazilska različica IC-0561 – P.1
Brazilska različica (IC-0561 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico IC-0561 – P.1, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.

V dvanajstem presejalnem obdobju nismo potrdili brazilske različice (IC-0561 – P.1) virusa v Sloveniji, smo pa ugotovili višje deleže posameznih, za brazilsko različico značilnih, mutacij v različnih kliničnih vzorcih.

---
PDF: Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani, Rezultati testiranja 573 vzorcev odvzetih med 15. 03. 2021 in 21. 03. 2021

V ŠTEVILKAH

NOVE PREISKAVE

15

v letu 2014

11

v letu 2015

13

v letu 2016

NAŠA MOČ

7

profesorjev

36

doktorjev znanosti

149

zaposlenih

OBJAVLJENI ZNANSTVENI ČLANKI - SCI

63

v letu 2016

46

v letu 2017

KONTAKT

Univerza v Ljubljani | Medicinska fakulteta
INŠTITUT ZA MIKROBIOLOGIJO IN IMUNOLOGIJO
Zaloška 4,1000 Ljubljana

T: 01 543 74 00 | F: 01 543 74 01
E: imi.info@mf.uni-lj.si

KATEDRA ZA MIKROBIOLOGIJO IN IMUNOLOGIJO
T: 01 543 74 08
E: imi.katedra@mf.uni-lj.si

CERTIFIKATI KAKOVOSTI

Copyright 2001-2021 IMI. Vse pravice pridržane.