V šestnajsto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 drugega vala epidemije z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili skupno 571 vzorcev (26 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 12. 04. 2021 in 18. 04. 2021. Izmed teh je bilo 53 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 12 % iz Goriške regije, 9 % iz Zasavske regije, 7 % Jugovzhodne regije, 5 % iz Posavske regije, 4 % iz Obalno-kraške regije, 3 % iz Primorsko-notranjske, po 2 % iz Gorenjske in Savinjske regije ter po 1% iz Koroške in Podravske regije. Šestnajst vzorcev je pripadali osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.
Na sliki zgoraj je v absolutnih številkah prikazana razporeditev posameznih genetskih različic opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma iz vzorcev vključenih v presejalno sekveniranje.
Genetska različica A.27
Za genetsko različico A.27 so značilne mutacije: L18F, L452R, N501Y, A653V, H655Y, D796Y, G1219V. Različica je najbolj razširjena v francoski čezmorski skupnosti Mayotte, zabeležili pa so jo tudi v Združenem kraljestvu, na Nizozemskem, Danskem in v Turčiji. Do sedaj smo potrdili različico A.27 v skupno 31 vzorcih iz Osrednjeslovenske, Jugovzhodne in Obalno-kraške regije.
Genetska različica B.1.525
Za genetsko različico B.1.525 sta značilni mutaciji: del69-70 in E484K. Različica je najbolj razširjena na Danskem, v Združenem kraljestvu, Nigeriji in v Združenih državah Amerike. Do sedaj smo potrdili različico B.1.525 v skupno 23 vzorcih iz Osrednjeslovenske, Jugovzhodne, Savinjske in Zasavske regije.
Genetska različica B.1.1.318
Za genetsko različico B.1.1.318 so značilne mutacije: D796H, E484K, P681H, T95I, Y144del. Različica so do sedaj dokazali v Združenem kraljestvu, v Švici in v Združenih državah Amerike. Do sedaj smo potrdili različico B.1.1.318 v skupno 6 vzorcih iz Osrednjeslovenske, Posavske in Zasavske regije.
Angleška različica VOC 202012/01 – B.1.1.7
Angleška različica (VOC 202012/01 – B.1.1.7) vsebuje naslednje značilne mutacije: del69-70, del144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 202012/01 – B.1.1.7, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.
V šestnajstem presejalnem obdobju smo našli vse mutacije značilne za angleško različico v vseh skupinah vzorcev. Deleži posameznih mutacij se v zadnjem presejalnem obdobju gibljejo od med 80 – 90 %.
Delež angleške različice med vzorci, vključenimi v presejalno sekveniranje, narašča in je v šestnajstem presejalnem obdobju dosegel 83 % vseh vključenih vzorcev, kar je prikazano na sliki spodaj.
Južnoafriška različica VOC 501Y.V2 – B.1.351
Južnoafriška različica (VOC 501Y.V2 – B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 501Y.V2 – B.1.351, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.
V šestnajstem presejalnem obdobju nismo potrdili južnoafriške različice v presejalnem NGS testiranju. Skupno smo do sedaj dokazali južnoafriško različico pri 23 osebah, od katerih jih 21 nima jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine. Ena oseba je pripotovala iz Tanzanije in ena iz Zanzibarja.
Brazilska različica IC-0561 – P.1
Brazilska različica (IC-0561 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico IC-0561 – P.1, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.
V šestnajstem presejalnem obdobju nismo potrdili brazilske različice (IC-0561 – P.1) virusa v Sloveniji, smo pa ugotovili višje deleže posameznih, za brazilsko različico značilnih, mutacij v različnih kliničnih vzorcih.
Okužbe po cepljenju proti COVID-19
Od 24.2.2021 do 20.4.2021 smo v sodelovanju z NIJZ sekvenirali 98 genomov SARS-CoV-2 po okužbi pri ljudeh, ki so bili cepljeni. Od tega je bilo 64 oseb več kot 2 tedna po cepljenju z 2 odmerkoma cepiva Comirnaty (BioNTech/Pfizer) in 34 oseb več kot 3 tedne po cepljenju z 1 odmerkom Vaxzevria (AstraZeneca/ Oxford).
Pri cepljenih smo dokazali genetske različice, ki so pogoste v Sloveniji (B.1.258.17, B.1.1.7 in A.27) v približno enakem deležu, kot se pojavljajo v ostali populaciji.
