V deseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 drugega vala epidemije z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili skupno 562 vzorcev (26 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 01. 03. 2021 in 07. 03. 2021. Izmed teh je bilo 63 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 15 % iz Goriške regije, po 5 % Jugovzhodne in Zasavske regije, 3 % iz Obalno-kraške regije in po 1% Gorenjske, Posavske, Podravske, Primorsko-notranjske, Savinjske in Koroške regije. Devet vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.
Na sliki spodaj je v absolutnih številkah prikazana razporeditev posameznih genetskih različic opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma iz vzorcev vključenih v presejalno sekveniranje.
Genetska različica A.27
Za genetsko različico A.27 so značilne mutacije: L18F, L452R, N501Y, A653V, H655Y, D796Y, G1219V. Različica je najbolj razširjena v francoski čezmorski skupnosti Mayotte, zabeležili pa so jo tudi v Združenem kraljestvu, na Nizozemskem, Danskem in v Turčiji. Do sedaj smo potrdili različico A.27 v skupno 12 vzorcih iz Osrednjeslovenske in Jugovzhodne regije.
Genetska različica B.1.525
Za genetsko različico B.1.525 sta značilni mutaciji: del69-70 in E484K. Različica je najbolj razširjena na Danskem, v Združenem kraljestvu, Nigeriji in v Združenih državah Amerike. Do sedaj smo potrdili različico B.1.525 v skupno 16 vzorcih iz Osrednjeslovenske regije in Jugovzhodne regije.
Angleška različica VOC 202012/01 – B.1.1.7
Angleška različica (VOC 202012/01 – B.1.1.7) vsebuje naslednje značilne mutacije: del69-70, del144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 202012/01 – B.1.1.7, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.
V desetem presejalnem obdobju smo našli vse mutacije značilne za angleško različico v vseh skupinah vzorcev.
Do sedaj smo angleško različico virusa (VOC 202012/01 – B.1.1.7) potrdili pri skupno 290 osebah. 28 oseb je imelo jasno epidemiološko anamnezo za potencialni vnos angleške različice v Slovenijo, ostali niso imeli jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine in so se z angleško različico verjetno okužili v Sloveniji.
Delež angleške različice med vzorci vključenimi v presejalno sekveniranje v različnih časovnih obdobjih narašča od zadnjega tedna januarja in je v desetem presejalnem obdobju že dosegel 22 % vseh vključenih vzorcev, kar je prikazano na sliki spodaj.
Južnoafriška različica VOC 501Y.V2 – B.1.351
Južnoafriška različica (VOC 501Y.V2 – B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 501Y.V2 – B.1.351, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.
V desetem presejalnem obdobju smo pri 11 osebah potrdili južnoafriško različico (VOC 501Y.V2 – B.1.351). Skupno smo do sedaj dokazali južnoafriško različico pri 19 osebah, od katerih jih 17 nima jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine. Dve osebi sta pripotovali iz Tanzanije.
Brazilska različica IC-0561 – P.1
Brazilska različica (IC-0561 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico IC-0561 – P.1, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.
V desetem presejalnem obdobju nismo potrdili brazilske različice (IC-0561 – P.1) virusa v Sloveniji, smo pa ugotovili višje deleže posameznih za brazilsko različico značilnih mutacij v različnih kliničnih vzorcih.