V deveto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 drugega vala epidemije z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili skupno 576 vzorcev (27 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 22. 02. 2021 in 28. 02. 2021. Izmed teh je bilo 65 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 13 % iz Goriške regije, po 5 % Jugovzhodne in Zasavske regije, 3 % iz Obalno-kraške regije in po 1% Gorenjske, Posavske, Podravske, Primorsko-notranjske, Savinjske in Koroške regije. Devet vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.
Na sliki spodaj je v absolutnih številkah prikazana razporeditev posameznih genetskih različic opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma iz 576 vzorcev vključenih v deveto presejalno sekveniranje.
Genetska različica A.27
Za genetsko različico A.27 so značilne mutacije: L18F, L452R, N501Y, A653V, H655Y, D796Y, G1219V. Različica je najbolj razširjena v francoski čezmorski skupnosti Mayotte, zabeležili pa so jo tudi v Združenem kraljestvu, na Nizozemskem, Danskem in v Turčiji. Do sedaj smo potrdili različico v skupno 12 vzorcih iz Osrednjeslovenske in Jugovzhodne regije.
Genetska različica B.1.525
Za genetsko različico B.1.525 sta značilni mutaciji: del69-70 in E484K. Različica je najbolj razširjena na Danskem, v Združenem kraljestvu, Nigeriji in v Združenih državah Amerike. V devetem presejalnem obdobju smo to različico potrdili v 13 vzorcih iz Osrednjeslovenske regije in Jugovzhodne regije.
Angleška različica VOC 202012/01 – B.1.1.7
Angleška različica (VOC 202012/01 – B.1.1.7) vsebuje naslednje značilne mutacije: del69-70, del144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 202012/01 – B.1.1.7, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.
V devetem presejalnem obdobju smo našli vse mutacije značilne za angleško različico v vseh skupinah vzorcev.
Do sedaj smo angleško različico virusa (VOC 202012/01 – B.1.1.7) potrdili pri skupno 160 osebah. 15 oseb je imelo jasno epidemiološko anamnezo za potencialni vnos angleške različice v Slovenijo, ostali niso imeli jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine in so se z angleško različico verjetno okužili v Sloveniji. Delež angleške različice med vzorci vključenimi v presejalno sekveniranje v različnih časovnih obdobjih je prikazan na sliki spodaj.
Južnoafriška različica VOC 501Y.V2 – B.1.351
Južnoafriška različica (VOC 501Y.V2 – B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 501Y.V2 – B.1.351, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.
V devetem presejalnem obdobju smo pri 8 osebah potrdili južnoafriško različico (VOC 501Y.V2 – B.1.351). Sedem oseb, pri kateri smo potrdili južnoafriško različico nima jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine. Ena oseba je pripotovala iz Tanzanije.
Brazilska različica IC-0561 – P.1
Brazilska različica (IC-0561 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico IC-0561 – P.1, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli. V devetem presejalnem obdobju nismo potrdili brazilske različice (IC-0561 – P.1) virusa v Sloveniji, smo pa ugotovili višje deleže posameznih za brazilsko različico značilnih mutacij v različnih kliničnih vzorcih.
