V oseminpetdeseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili 663 vzorcev (27 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 07. 02. 2022 in 13. 02. 2022. Izmed teh je bilo 62 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 14 % iz Goriške regije, po 4 % iz Zasavske in Jugovzhodne regije, po 3 % iz Obalno-kraške, Gorenjske in Savinjske regije, 2 % iz Posavske regije in po 1 % iz Primorsko-notranjske in Podravske regije. Devet vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.
Slika 1. Razporeditev posameznih genetskih različic opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma iz vzorcev vključenih v presejalno sekveniranje.
Nadzor nad zaskrbljujočimi genetskimi različicami (VOC)
Beta – B.1.351 – Južnoafriška različica
Različica beta (501Y.V2 – B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V oseminpetdesetem presejalnem obdobju različice beta nismo potrdili. Skupno smo do sedaj dokazali različico beta pri 23 osebah, od katerih jih 21 nima jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine. Ena oseba je pripotovala iz celinske Tanzanije in ena iz Zanzibarja.
Gama – P.1 – Brazilska različica
Različica gama (501Y.V3 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V oseminpetdesetem presejalnem obdobju različice gama nismo potrdili. Različico gama smo doslej potrdili pri 3 osebah.
Delta – B.1.617.2 – Indijska različica
Različica delta (B.1.617.2) vsebuje naslednje značilne mutacije: T19R, L452R, T478K, D614G, D950N, P681R, del157/158. V oseminpetdesetem presejalnem testiranju smo različico delta potrdili v 1 vzorcu. Skupno smo do sedaj različico delta potrdili pri 13.469 osebah.
Omikron – B.1.1.529
Različica omikron (484A – B.1.1.529) vsebuje 26 aminokislinskih zamenjav, 3 delecije in 1 insercijo na beljakovini bodice S v primerjavi s prvotno različico (A67V, del69_70, T95I, G142D, del143_145, N211I, del211, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, D796Y, N856K, Q954H, N969K in L981F). V oseminpetdesetem presejalnem obdobju smo različico omikron potrdili v 662 vzorcih (v 503 vzorcih podrazličico BA.1.1, v 106 vzorcih BA.1 in v 53 vzorcih podrazličico BA.2). Različico omikron smo potrdili v 99,9 % vseh vzorcev vključenih v presejalno sekveniranje.
Slika 2. Naraščanje deleža različice omikron v presejalnem sekveniranju.
Slika 3. Delež posameznih podrazličic omikrona potrjenih v presejalnem testiranju.
Spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji: 7. 2. 2022 – 13. 2. 2022