Laboratorij za sindromsko diagnostiko in molekularno bakteriologijo (SMB)

Dejavnosti laboratorija

Osnovni dejavnosti Laboratorija za sindromsko diagnostiko in molekularno bakteriologijo sta transmisijska elektronska mikroskopija (TEM) in molekularna mikrobiološka diagnostika, ki zajema specialno molekularno bakteriološko diagnostiko ter proces sindromske diagnostike virusnih, bakterijskih in parazitskih okužb prebavil.

Z elektronskomikroskopskimi metodami lahko dokazujemo viruse v različnih kliničnih vzorcih, kot so mehurčki na koži, kraste, urin, iztrebki, organi/tkivo ljudi in živali ter v celičnih kulturah. Prednost elektronske mikroskopije je, da lahko v vzorcu določimo tudi druge viruse, ki jih s tarčnimi molekularnimi metodami ne zaznamo.

Sindromska diagnostika virusnih, bakterijskih in parazitskih okužb prebavil omogoča hiter in hkratni dokaz najpogostejših povzročiteljev akutnega gastroenteritisa. Izsledki naših raziskav in podatki iz literature kažejo, da z uporabo sindromskega pristopa zmanjšamo delež neopredeljenih črevesnih nalezljivih bolezni. V primeru dokazanega bakterijskega povzročitelja se diagnostični proces nadaljuje s klasično osamitvijo, identifikacijo in določanjem občutljivosti za antibiotike.

Specialna molekularna bakteriološka diagnostika obsega številne preiskave, ki neposredno dokazujejo prisotnost bakterijske nukleinske kisline v kužninah. S preiskavo bakterijski širokospektralni PCR dokazujemo gen za 16S rRNK v primarno sterilnih kužninah. Preiskava nam omogoča hitro identifikacijo povzročitelja tudi v primerih, ko osamitev bakterije ni mogoča (pri bolnikih, ki so prejeli antibiotično terapijo pred odvzemom kužnine, pri povzročiteljih, katerih osamitev je zahtevna oziroma ni mogoča, v nekaterih primerih neustreznega transporta kužnine). Metodo uporabljamo tudi za identifikacijo bakterij, ki jih s standardnimi postopki ni mogoče opredeliti. V laboratoriju izvajamo molekularno diagnostiko septičnega artritisa, oslovskega kašlja, sifilisa, najpogostejših bakterijskih povzročiteljev meningitisa ter dokaz genov za TSST-1, PVL, karbapenemaz in drugih rezistenčnih genov. V sodelovanju z bakteriološkimi laboratoriji razvijamo tudi druge molekularne teste, ki bodo omogočili hitrejšo diagnostiko bakterijskih okužb.

Za zagotavljanje kakovosti laboratorij redno opravlja notranje in zunanje nadzore kakovosti (QCMD za molekularno diagnostiko, EQA EMV za diagnostično elektronsko mikroskopijo).

Raziskovalna dejavnost laboratorija obsega vpeljavo najsodobnejših metod za tipizacijo bakterij, kot je določanje celotnega genoma bakterij, kar med drugim omogoča natančno analizo izbruhov. V povezavi z drugimi inštituti in klinikami raziskujemo mikrobioto (urin, biopti slepičev) z uporabo sekvenciranja naslednje generacije. Hkrati preučujemo etiološko vlogo ter molekularno-epidemiološke značilnosti gastroenteričnih virusov, njihovo gensko raznolikost in zoonotski potencial. Opazovanje in ugotavljanje morfoloških značilnost virusov s TEM ter preučevanje njihovega razvojnega cikla v celicah je specialnost, ki jo lahko trenutno izvajamo edini v Sloveniji.