NGS - sekvenciranje naslednje generacije

Dejavnost sekvenciranja naslednje generacije

Sekvenciranje naslednje generacije (NGS) je napredna tehnologija, ki nam omogoča določitev zaporedja nukleinskih kislin (DNA/RNA), v testiranem vzorcu. Analiziramo lahko del zaporedja ali celotno zaporedje kateregakoli (mikro)organizma, s pomočjo metagenomskega pristopa, pa lahko odkrivamo tudi nove, še neznane povzročitelje bolezni.

S svojo zmogljivostjo, razširljivostjo in hitrostjo nam NGS omogoča, da opravimo analizo zaporedij genetskega materiala velikega števila vzorcev naenkrat in tako določimo zaporedje več tisoč genov, oziroma zaporedje celotnega genoma (mikro)organizmov hkrati. S pristopom lahko detektiramo tudi podrazličice in različne seve mikroorganizmov. Sekvenciranje je zelo pomembno za diagnostiko in za terapevtske namene v klinični mikrobiologiji, kot tudi pri epidemiologiji bolezni in v raziskovalni dejavnosti.

Tehnologija NGS je bila sestavni del raziskovalne dejavnosti na IMI že pred pandemijo COVID-19, vendar se je izkazala za klinično zelo pomembno med pandemijo. Genomsko opredeljevanje virusa SARS-CoV-2 je bilo ključnega pomena za napovedovanje širjenja posameznih različic virusa v populaciji, kot tudi za zagotavljanje optimalne terapije najbolj ogroženih bolnikov.

Za izvajanje NGS imamo na IMI na voljo tehnologijo Illumina in Oxford Nanopore Technologies.