Kratek opis projekta
Epstein-Barr virus (EBV) ali človeški herpesvirus 4 (HHV-4) je ubikvitarno prisoten virus iz družine Herpesviridae. Akutna okužba z EBV povzroča infekcijsko mononukleozo, medtem ko je latentna okužba povezana z nastankom rakastih obolenj, ki izvirajo iz epitelijskih celic, limfocitov in celic mezenhima. Specifično protivirusno zdravljenje in cepivo proti EBV trenutno nista na voljo. Genom EBV je dvoverižna molekula DNA, sestavljena iz 172 kbp, ki kodira skoraj 100 genov in 44 mikroRNA. EBV razvrščamo v dva genotipa (genotip 1 in 2) na podlagi genov EBNA-1 in EBNA-2. Genotipa izkazujeta različen celični tropizem in različne sposobnosti preoblikovanja B-celic in vitro. Sama genetska raznolikost EBV je izjemno zapletena in jo lahko na podlagi analize drugih virusnih genov razvrstimo v dodatne podtipe in podvariante. Genetska raznolikost EBV, analize kompleksnih kombinacij podtipov in podvariant v različnih modelih benignih in malignih bolezni, ter možni pomen te raznolikosti in klinične značilnosti bolezni so še razmeroma neraziskani.
Raziskovalni cilji projekta vključujejo analizo genetske raznolikosti EBV in njenega možnega kliničnega pomena. Natančneje, določiti želimo razširjenost genotipov EBV 1 in 2 (z analizo genov EBNA-1 in EBNA-2) ter podtipov in podvariant (na podlagi analize genov LMP-1, Zp in BLLF1) pri bolnikih z infekcijsko mononukleozo in malignimi boleznimi, etiološko povezanimi z okužbo z EBV. Poleg tega bomo v dveh modelih bolezni primerjali pogostost značilnih in novo-opisanih delecij in tandemskih ponovitev v izbranih genih.
S projektom bomo pomembno prispevali k znanju o genetski raznolikosti EBV, vključno z virusnimi genotipi, podtipi in genetskimi različicami. Z uporabo različnih pristopov sekvenciranja (sekvenciranje po Sanger-ju, globoko sekvenciranje in neposredno sekvenciranje DNA v realnem času) in filogenetskih analiz bo projekt omogočil popolnejšo in natančnejšo analizo EBV v primerjavi s predhodnimi raziskavami. Z analizo genetske raznolikosti EBV pri infekcijski mononukleozi in malignih boleznih, povezanih z EBV, bomo poskušali odkriti možne povezave med variabilnostjo virusnih genov in spremembami v strukturi virusnih beljakovin in glikoproteinov s klinično resnostjo bolezni. Nova odkritja na področju genetske raznolikosti EBV bi lahko pomembno prispevala k razvoju cepiv nove generacije EBV in boljšemu razumevanju patogeneze bolezni, povezanih z EBV.