V osemnajsto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 drugega vala epidemije z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili skupno 576 vzorcev (32 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 26. 04. 2021 in 02. 05. 2021. Izmed teh je bilo 56 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 14 % iz Goriške regije, po 6 % iz Zasavske in Jugovzhodne regije, po 5 % iz Posavske in Obalno-kraške regije, po 2 % iz Primorsko-notranjske, Gorenjske in Savinjske regije ter po 1 % iz Koroške in Podravske regije. Enajst vzorcev je pripadali osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.
Na sliki zgoraj je v absolutnih številkah prikazana razporeditev posameznih genetskih različic opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma iz vzorcev vključenih v presejalno sekveniranje.
Angleška različica – B.1.1.7 (VOC-21DEC-01)
Angleška različica, B.1.1.7, vsebuje naslednje značilne mutacije: del69-70, del144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. V osemnajstem presejalnem obdobju smo našli vse mutacije značilne za angleško različico v vseh skupinah vzorcev. Deleži posameznih mutacij se v zadnjem presejalnem obdobju gibljejo od 85 – 99 %.
Delež angleške različice med vzorci, vključenimi v presejalno sekveniranje, narašča in je v osemnajstem presejalnem obdobju dosegel 90 % vseh vključenih vzorcev, kar je prikazano na sliki spodaj.
Južnoafriška različica B.1.351 (VOC-20DEC-02)
Južnoafriška različica (VOC 501Y.V2 – B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V osemnajstem presejalnem obdobju nismo potrdili južnoafriške različice v presejalnem NGS testiranju. Skupno smo do sedaj dokazali južnoafriško različico pri 23 osebah, od katerih jih 21 nima jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine. Ena oseba je pripotovala iz celinske Tanzanije in ena iz Zanzibarja.
Brazilska različica IC-0561 – P.1
Brazilska različica (IC-0561 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V osemnajstem presejalnem obdobju nismo potrdili brazilske različice (IC-0561 – P.1) v Sloveniji.
Indijska različica B.1.617.2 (VOC-21APR-02)
Indijska različica (B.1.617.2) vsebuje naslednje značilne mutacije: T19R, L452R, T478K, D614G, D950N, P681R, del157/158 in je bila 07. 05. 2021 uradno razglašena kot nova zaskrbljujoča genetska različica (VOC-21APR-02), saj je povezana z novim valom okužb v Indiji. Ob tem se je 11.5.2021 posodobil algoritem za razvrščanje SARS-CoV-2 pango genetskih različic. Ob ponovni analizi slovenskih vzorcev smo v enem vzorcu ugotovili genetsko različico B.1.617.2. Vzorec je pripadal osebi iz Osrednjeslovenske regije, pri kateri smo 20.4.2021 potrdili okužbo z virusom SARS-CoV-2, po povratku iz Indije. V osemnajstem presejalnem testiranju naključno izbranih vzorcev pa indijske genetske različice v Sloveniji nismo potrdili.
Genetska različica B.1.525 (VUI-21FEB-03)
Genetska različica B.1.525 vsebuje naslednje značilne mutacije: Q52R, E484K, Q677H, F888L. Različica je najbolj razširjena v Nigeriji, na Danskem, v Združenem kraljestvu in Združenih državah Amerike. V osemnajstem presejalnem obdobju različice nismo potrdili v presejalnem testiranju v Sloveniji. Do sedaj smo potrdili različico B.1.525 v skupno 23 vzorcih iz Osrednjeslovenske, Jugovzhodne, Savinjske in Zasavske regije.
Genetska različica B.1.1.318 (VUI-21FEB-04)
Za genetsko različico B.1.1.318 so značilne mutacije: T95I, del144, E484K, D614G, P681H, D796H. Različico so do sedaj dokazali v Združenem kraljestvu, v Švici in v Združenih državah Amerike. V osemnajstem presejalnem obdobju nismo potrdili genetske različice B.1.1.318 v presejalnem testiranju v Sloveniji. Do sedaj smo potrdili različico B.1.1.318 v skupno 7 vzorcih iz Osrednjeslovenske, Posavske in Zasavske regije.
Genetska različica B.1.258.17
Evropska linija B.1.258.17 vsebuje naslednje značilne mutacije: N439K, D614G , V772I. Genetska različica se je v Sloveniji razširila v drugem valu epidemije. Drugače pa je razširjena še v Švici (9%), Nemčiji (9%), na Švedskem (6%) in v Avstriji (2%). S prevladovanje angleške genetske različice v Sloveniji, se odstotek vzorcev s to različico zmanjšuje, tako smo v osemnajstem presejalnem obdobju potrdili to genetsko različico v 10 – 15 % deležu.
Genetska različica A.27
Za genetsko različico A.27 so značilne mutacije: L18F, L452R, N501Y, A653V, H655Y, D796Y, G1219V. Različica je najbolj razširjena v francoski čezmorski skupnosti Mayotte, zabeležili pa so jo tudi v Združenem kraljestvu, na Nizozemskem, Danskem in v Turčiji. V osemnajstem presejalnem obdobju različice nismo potrdili v presejalnem testiranju v Sloveniji. Do sedaj smo potrdili različico A.27 v skupno 31 vzorcih iz Osrednjeslovenske, Jugovzhodne in Obalno-kraške regije.
Genetska različica B.1.429
Za genetsko različico B.1.429 so značilne mutacije: S13I, W152C, L452R, D614G. Različica je najbolj razširjena v Kaliforniji, zabeležili so jo tudi v Mehiki. Genetske različice B.1.429 do sedaj nismo potrdili v Sloveniji.
Genetska različica B.1.526
Za genetsko različico B.1.526 so značilne mutacije: L5F, T95I, D253G, E484K, D614G, A701V. Različica je razširjena predvsem v New Yorku, Združene države Amerike. Genetske različice B.1.526 do sedaj nismo potrdili v Sloveniji.
Okužbe po cepljenju proti COVID-19
Od 24.2.2021 do 4.5.2021 smo v sodelovanju z NIJZ sekvenirali 147 genomov SARS-CoV-2 po okužbi pri osebah, ki so bile cepljene. Od tega je bilo 84 oseb več kot 2 tedna po cepljenju z 2 odmerkoma cepiva Comirnaty (BioNTech/Pfizer), 3 osebe so bile cepljenje s cepivom Moderna COVID-19 in 60 oseb več kot 3 tedne po cepljenju z 1 odmerkom Vaxzevria (AstraZeneca/Oxford).
Pri cepljenih smo dokazali genetske različice, ki so pogoste v Sloveniji (B.1.258.17, B.1.1.7, A.27, B.1.1.70 in B.1.1.318) v približno enakem deležu, kot se pojavljajo v ostali populaciji.
