V dvainsedemdeseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili 83 vzorcev (69% vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 16. 05. 2022 in 22. 05. 2022. Izmed teh je bilo 69 % vzorcev iz Osrednjeslovenske regije, 6 % iz Gorenjske regije, 5 % iz Posavske regije, po 4 % iz Goriške in Zasavske regije, po 2 % iz Obalno-kraške, Primorsko-notranjske in Savinjske regije ter 1 % iz Jugovzhodne regije. Štirje vzorci so pripadali osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.
Nadzor nad zaskrbljujočimi genetskimi različicami (VOC)
Beta – B.1.351 – Južnoafriška različica
Različica beta (501Y.V2 – B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V dvainsedemdesetem presejalnem obdobju različice beta nismo potrdili. Skupno smo do sedaj dokazali različico beta pri 23 osebah, od katerih jih 21 nima jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine. Ena oseba je pripotovala iz celinske Tanzanije in ena iz Zanzibarja.
Gama – P.1 – Brazilska različica
Različica gama (501Y.V3 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V dvainsedemdesetem presejalnem obdobju različice gama nismo potrdili. Različico gama smo doslej potrdili pri 3 osebah.
Delta – B.1.617.2 – Indijska različica
Različica delta (B.1.617.2) vsebuje naslednje značilne mutacije: T19R, L452R, T478K, D614G, D950N, P681R, del157/158. V dvainsedemdesetem presejalnem obdobju različice delta nismo potrdili. Skupno smo do sedaj različico delta potrdili pri 13.474 osebah.
Omikron – B.1.1.529
Različica omikron (484A – B.1.1.529) vsebuje 26 aminokislinskih zamenjav, 3 delecije in 1 insercijo na beljakovini bodice S v primerjavi s prvotno različico (A67V, del69_70, T95I, G142D, del143_145, N211I, del211, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, D796Y, N856K, Q954H, N969K in L981F). V dvainsedemdesetem presejalnem obdobju smo različico omikron potrdili v vseh vzorcih.
Slika 3. Razporeditev posameznih genetskih podrazličic omikrona dokazanih v dvainsedemdesetem tednu, opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma.
