Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani
V sedeminsedemdeseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili 111 vzorcev (77% vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 20. 06. 2022 in 26. 06. 2022. Izmed teh je bilo 65 % vzorcev iz Osrednjeslovenske regije, 9 % iz Obalno-kraške regije, 6 % iz Gorenjske regije, 5 % iz Zasavske regije, 3 % iz Goriške regije, po 2 % iz Jugovzhodne in Podravske regije in po 1 % iz Pomurske ter Posavske regije. Sedem vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.
Nadzor nad zaskrbljujočimi genetskimi različicami (VOC)
Omikron – B.1.1.529
Različica omikron (484A – B.1.1.529) vsebuje 26 aminokislinskih zamenjav, 3 delecije in 1 insercijo na beljakovini bodice S v primerjavi s prvotno različico (A67V, del69_70, T95I, G142D, del143_145, N211I, del211, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, D796Y, N856K, Q954H, N969K in L981F).
ECDC je junija 2022 na seznam zaskrbljujočih variant uvrstil 4 podrazličice omikrona (BA.1, BA.2, BA.4 in BA.5) ter vse njihove hčerinske linije.
V sedeminsedemdesetem presejalnem obdobju smo različico omikron potrdili v vseh vzorcih.
Podrobno razporeditev posameznih genetskih podrazličic in hčerinskih linij omikrona dokazanih v sedeminsedemdesetem tednu presejalnega testiranja prikazuje Slika 2.
