Spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji: 26. 3. 2024 – 5. 5. 2024

V stoštirideseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili 8 vzorcev (67 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 26. 03. 2024 in 05. 05. 2024. Izmed teh je bilo po 25 % vzorcev iz Osrednjeslovenske ter Goriške regije in po 13 % iz Jugovzhodne, Podravske ter Zasavske regije. En vzorec je pripadal osebi, ki ima stalno prebivališče v tujini.

Zaradi stabilne epidemiološke situacije, ECDC od 3. marca 2023 na seznam zaskrbljujočih variant (»Variants of Concern« – VOC) trenutno ne uvršča nobenih linij SARS-CoV-2.

V stoštiridesetem presejalnem sekveniranju, ki zajema obdobje od 26. 03. 2024 do 05. 05. 2024, smo različico omikron potrdili v vseh vzorcih.

Slika 1. Razporeditev posameznih genetskih različic omikrona dokazanih v obdobju med 26. 03. 2024 in 05. 05. 2024. Zunanji obroč prikazuje posamezne dokazane različice z izpisom imena tistih, ki so bile prisotne v deležu ³ 1 %. Srednji in notranji obroč prikazujeta različna nivoja starševskih linij. Kategorija RKM predstavlja delež različic nastalih z rekombinacijo.

Slika 2. Delež posameznih podrazličic omikrona potrjenih v celotnem obdobju presejalnega testiranja od pojava B.1.1.529 v Sloveniji dalje.

Nadzor nad potencialno nevarnejšimi različicami (»VOI« / »VUM«)

WHO in ECDC med različice, ki se podrobneje spremljajo (»Variants Of Interest« – VOI; »Variants Under Monitoring« – VUM), trenutno vključujeta več pod liniji BA.2.86 in nekatere rekombinantne različice XBB. Tabela 1 prikazuje število posameznih primerov VOI / VUM, vključujoč pod različice, dokazanih pri nas.

Tabela 1: Prikaz števila posameznih različic VOI / VUM dokazanih na IMI do vključno 05. 05. 2024.

Različica† (VOI/VUM) Teden prve potrditve Kumulativno število primerov Dokazana v zadnjem presejalnem obdobju
XBB.1.5 (VOI) 50/2022 473 NE
XBB.1.16 (VOI) 15/2023 309 DA
EG.5 (VOI) 30/2023 522 NE
BA.2.86 (VOI) 39/2023 117 NE
JN.1 (VOI) 45/2023 219 DA
JN.1.7 (VUM) 11/2024 1 NE
KP.2 (VUM) NI 0 NE
KP.3 (VUM) NI 0 NE
JN.1.18 (VUM) 13/2024 2 DA
† – vključujoč hčerinske različice,  ‡ – brez tistih hčerinskih različic, ki se posebej spremljajo kot VOI / VUM

 

Poročilo IMI: 26. 3. 2024 – 5. 5. 2024