V petinšestdeseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili 376 vzorcev (73 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 28. 03. 2022 in 03. 04. 2022. Izmed teh je bilo 73 % vzorcev iz Osrednjeslovenske regije, 6 % iz Goriške regije, po 4 % iz Gorenjske in Obalno-kraške regije, 3 % iz Zasavske regije, 2 % iz Jugovzhodne regije, po 1 % iz Podravske, Posavske, Primorsko-notranjske, Savinjske regije in Pomurske regije. Deset vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.
Slika 1. Razporeditev posameznih genetskih različic opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma iz vzorcev vključenih v presejalno sekveniranje.
Nadzor nad zaskrbljujočimi genetskimi različicami (VOC)
Beta – B.1.351 – Južnoafriška različica
Različica beta (501Y.V2 – B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V petinšestdesetem presejalnem obdobju različice beta nismo potrdili. Skupno smo do sedaj dokazali različico beta pri 23 osebah, od katerih jih 21 nima jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine. Ena oseba je pripotovala iz celinske Tanzanije in ena iz Zanzibarja.
Gama – P.1 – Brazilska različica
Različica gama (501Y.V3 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V petinšestdesetem presejalnem obdobju različice gama nismo potrdili. Različico gama smo doslej potrdili pri 3 osebah.
Delta – B.1.617.2 – Indijska različica
Različica delta (B.1.617.2) vsebuje naslednje značilne mutacije: T19R, L452R, T478K, D614G, D950N, P681R, del157/158. V petinšestdesetem presejalnem obdobju različice delta nismo potrdili. Skupno smo do sedaj različico delta potrdili pri 13.473 osebah.
Omikron – B.1.1.529
Različica omikron (484A – B.1.1.529) vsebuje 26 aminokislinskih zamenjav, 3 delecije in 1 insercijo na beljakovini bodice S v primerjavi s prvotno različico (A67V, del69_70, T95I, G142D, del143_145, N211I, del211, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, D796Y, N856K, Q954H, N969K in L981F). V petinšestdesetem presejalnem obdobju smo različico omikron potrdili v vseh vzorcih.
Slika 2. Delež posameznih podrazličic omikrona potrjenih v presejalnem testiranju.
Slika 3. Razporeditev posameznih genetskih podrazličic omikrona dokazanih v petinšestdesetem tednu, opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma.
