Spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji: 29. 5. 2023 – 11. 6. 2023

V stodvaindvajseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili 56 vzorcev (82 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 29. 05. 2023 in 11. 06. 2023. Izmed teh je bilo 48 % vzorcev iz Osrednjeslovenske regije, 16 % iz Gorenjske regije, po 5 % iz Jugovzhodne, Koroške, Obalno-kraške ter Primorsko-notranjske regije, po 4 % iz Podravske ter Savinjske regije in po 2 % iz Goriške ter Zasavske regije. Dva vzorca sta pripadala osebama, ki imata stalno prebivališče v tujini.

Zaradi stabilne epidemiološke situacije in izginotja prvotnih različic omikrona BA.2, BA.4 in BA.5, ECDC od 3. marca 2023 na seznam zaskrbljujočih variant trenutno ne uvršča nobenih linij SARS-CoV-2.

V stodvaindvajsetem presejalnem obdobju, tedna 22/2023 in 23/2023, smo različico omikron potrdili v vseh vzorcih.

Slika 1. Razporeditev posameznih genetskih različic omikrona dokazanih v 22. in 23. tednu 2023. Zunanji obroč prikazuje posamezne dokazane različice z izpisom imena tistih, ki so bile prisotne v deležu ³ 1 %. Notranji obroč prikazuje starševsko linijo. Kategorija RKM predstavlja delež različic nastalih z rekombinacijo.

Slika 2. Delež posameznih podrazličic omikrona potrjenih v celotnem obdobju presejalnega testiranja od pojava B.1.1.529 v Sloveniji dalje.

Nadzor nad rekombinantnimi različicami XBB

ECDC od 8. decembra 2022 med različice, ki se podrobneje spremljajo (»Variants of Interest« – VOI) vključuje tudi različico XBB, ki je nastala z rekombinacijo linij BJ.1 (BA.2.10.1.1) in BM.1.1.1 (BA.2.75.3.1.1.1). Med pod-različicami XBB se posebej spremlja XBB.1.5 zaradi hitrega naraščanja primerov.

Tabela 1: Prikaz števila posameznih različic XBB dokazanih na IMI do vključno 11.06.2023.

Poročilo IMI: 29. 5. 2023 – 11. 6. 2023