Spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji: 4. 9. 2023 – 17. 9. 2023

V stodevetindvajseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili 77 vzorcev (88 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 04. 09. 2023 in 17. 09. 2023. Izmed teh je bilo 70 % vzorcev iz Osrednjeslovenske regije, 8 % iz Gorenjske regije, 5 % iz Savinjske regije, 4 % iz Jugovzhodne regije, 3 % iz Obalno-kraške regije in po 1 % iz Goriške ter Zasavske regije. Šest vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.

Zaradi stabilne epidemiološke situacije, ECDC od 3. marca 2023 na seznam zaskrbljujočih variant (»Variants of Concern« – VOC) trenutno ne uvršča nobenih linij SARS-CoV-2.

V stodevetindvajsetem presejalnem obdobju, tedna 36/2023 in 37/2023, smo različico omikron potrdili v vseh vzorcih.

Slika 1. Razporeditev posameznih genetskih različic omikrona dokazanih v 36. in 37. tednu 2023. Zunanji obroč prikazuje posamezne dokazane različice z izpisom imena tistih, ki so bile prisotne v deležu ³ 1 %. Notranji obroč prikazuje starševsko linijo. Kategorija RKM predstavlja delež različic nastalih z rekombinacijo.

Slika 2. Delež posameznih podrazličic omikrona potrjenih v celotnem obdobju presejalnega testiranja od pojava B.1.1.529 v Sloveniji dalje.

Nadzor nad potencialno nevarnejšimi različicami (»VOI« / »VUM«)

WHO in ECDC med različice, ki se podrobneje spremljajo (»Variants Of Interest« – VOI; »Variants Under Monitoring« – VUM), trenutno vključujeta BA.2.75, BA.2.86 in rekombinantne različice XBB. Tabela 1 prikazuje število posameznih primerov VOI / VUM, vključujoč podrazličice, dokazanih pri nas.

Tabela 1: Prikaz števila posameznih različic VOI / VUM dokazanih na IMI do vključno 17. 09. 2023.

Različica† (VOI/VUM) Teden prve potrditve Kumulativno število primerov Dokazana v zadnjem presejalnem obdobju
XBB.1.5 (VOI) 50/2022 358 DA
XBB.1.16 (VOI) 15/2023 75 DA
EG.5 (VOI) 30/2023 40 DA
BA.2.75 (VUM) 27/2022 23 DA (DV.7.1)
CH.1.1 (VUM) 46/2022 125 NE
XBB (VUM) 43/2022 63 DA
XBB.1.9.1 (VUM) 04/2023 214 DA
XBB.1.9.2 (VUM) 08/2023 107 DA
XBB.2.3 (VUM) 13/2023 27 DA
BA.2.86 (VUM) / 0 NE
† – vključujoč hčerinske različice,  ‡ – brez tistih hčerinskih različic, ki se posebej spremljajo kot VOI / VUM

 

 Poročilo IMI: 4. 9. 2023 – 179. 2023