Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerza v Ljubljani, Rezultati testiranja 570 vzorcev odvzetih med 08. 03. 2021 in 14. 03. 2021

V enajsto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 drugega vala epidemije z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili skupno 570 vzorcev (29 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 08. 03. 2021 in 14. 03. 2021. Izmed teh je bilo 60 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 17 % iz Goriške regije, po 5 % Jugovzhodne in Zasavske regije, po 2 % iz Obalno-kraške, Gorenjske, Posavske in Primorsko/notranjske regije in po 1% Podravske, Pomurske in Savinjske regije. Šest vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.
Na sliki spodaj je v absolutnih številkah prikazana razporeditev posameznih genetskih različic opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma iz vzorcev vključenih v presejalno sekveniranje.

Genetska različica A.27
Za genetsko različico A.27 so značilne mutacije: L18F, L452R, N501Y, A653V, H655Y, D796Y, G1219V. Različica je najbolj razširjena v francoski čezmorski skupnosti Mayotte, zabeležili pa so jo tudi v Združenem kraljestvu, na Nizozemskem, Danskem in v Turčiji. Do sedaj smo potrdili različico A.27 v skupno 23 vzorcih iz Osrednjeslovenske in Jugovzhodne regije.

Genetska različica B.1.525
Za genetsko različico B.1.525 sta značilni mutaciji: del69-70 in E484K. Različica je najbolj razširjena na Danskem, v Združenem kraljestvu, Nigeriji in v Združenih državah Amerike. Do sedaj smo potrdili različico B.1.525 v skupno 22 vzorcih iz Osrednjeslovenske, Jugovzhodne in Savinjske regije.

Angleška različica VOC 202012/01 – B.1.1.7
Angleška različica (VOC 202012/01 – B.1.1.7) vsebuje naslednje značilne mutacije: del69-70, del144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 202012/01 – B.1.1.7, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.

V enajstem presejalnem obdobju smo našli vse mutacije značilne za angleško različico v vseh skupinah vzorcev. Deleži posameznih mutacij se v zadnjem presejalnem obdobju gibljejo od med 20 – 30 %.

Delež angleške različice med vzorci, vključenimi v presejalno sekveniranje, narašča in je v enajstem presejalnem obdobju dosegel 24 % vseh vključenih vzorcev, kar je prikazano na sliki spodaj.

Prikaz razširjenosti angleške različice glede na delež posamezne regije vključene v presejalno sekveniranje

Južnoafriška različica VOC 501Y.V2 – B.1.351
Južnoafriška različica (VOC 501Y.V2 – B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 501Y.V2 – B.1.351, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.

V enajstem presejalnem obdobju smo pri 4 osebah potrdili južnoafriško različico (VOC 501Y.V2 – B.1.351). Skupno smo do sedaj dokazali južnoafriško različico pri 23 osebah, od katerih jih 21 nima jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine. Ena oseba je pripotovala iz Tanzanije in ena iz Zanzibarja.


Brazilska različica IC-0561 – P.1
Brazilska različica (IC-0561 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico IC-0561 – P.1, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.

V enajstem presejalnem obdobju nismo potrdili brazilske različice (IC-0561 – P.1) virusa v Sloveniji, smo pa ugotovili višje deleže posameznih, za brazilsko različico značilnih, mutacij v različnih kliničnih vzorcih.


PDF: Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerza v Ljubljani, Rezultati testiranja 570 vzorcev odvzetih med 08. 03. 2021 in 14. 03. 2021