V dvaindvajseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 drugega vala epidemije z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili skupno 384 vzorcev (40 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 31. 05. 2021 in 06. 06. 2021. Izmed teh je bilo 69 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 6 % iz Posavske regije, po 5 % iz Goriške in Zasavske regije, po 4 % Jugovzhodne in Obalno-kraške regije, 3 % iz Primorsko-notranjske regije, 2 % iz Gorenjske regije in po 1 % Podravske in Savinjske regije. 3 vzorci so pripadali osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.
Na sliki zgoraj je v absolutnih številkah prikazana razporeditev posameznih genetskih različic opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma iz vzorcev vključenih v presejalno sekveniranje.
Na spodnji sliki je v prikazana razporeditev posameznih genetskih različic dokazanih v maju in juniju 2021, opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma.
Alfa – B.1.1.7 – Angleška različica
Angleška različica (501Y.V1 – B.1.1.7) vsebuje naslednje značilne mutacije: del69-70, del144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. V dvaindvajsetem presejalnem obdobju smo našli vse mutacije značilne za angleško različico v vseh skupinah vzorcev. Deleži posameznih mutacij se v zadnjem presejalnem obdobju gibljejo od 95 – 100 %.
Delež angleške različice med vzorci, vključenimi v presejalno sekveniranje, je v dvaindvajsetem presejalnem obdobju znašal 97 % vseh vključenih vzorcev, kar je prikazano na sliki spodaj.
Beta – B.1.351 – Južnoafriška različica
Južnoafriška različica (501Y.V2 – B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V dvaindvajsetem presejalnem obdobju južnoafriške različice v presejalnem NGS testiranju nismo potrdili. Skupno smo do sedaj dokazali južnoafriško različico pri 23 osebah, od katerih jih 21 nima jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine. Ena oseba je pripotovala iz celinske Tanzanije in ena iz Zanzibarja.
Gama – P.1 – Brazilska različica
Brazilska različica (501Y.V3 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V dvaindvajsetem presejalnem obdobju brazilske različice v Sloveniji nismo potrdili. Brazilsko različico smo doslej potrdili pri 1 vzorcu bolnika, ki se je 31.5.2021 vrnil iz tujine.
Delta – B.1.617.2 – Indijska različica
Indijska različica B.1.617.2 vsebuje naslednje značilne mutacije: T19R, L452R, T478K, D614G, D950N, P681R, del157/158. V dvaindvajsetem presejalnem testiranju naključno izbranih vzorcev smo potrdili indijsko genetsko različico v Sloveniji v štirih skupinah vzorcev. Značilne mutacije se pojavljajo v nizkih deležih, torej sta pozitivna 1-2 vzorca v vsaki skupini. V naslednjem tednu bomo v vzorcih določili celoten genom virusa in s tem potrdili prisotnost indijske različice virusa. Skupno smo do sedaj indijsko različico B.1.617.2 potrdili pri petih bolnikih.
Epsilon – B.1.429
Za genetsko različico B.1.429 so značilne mutacije: S13I, W152C, L452R, D614G. Različica je najbolj razširjena v Kaliforniji, zabeležili so jo tudi v Mehiki. Genetske različice B.1.429 do sedaj nismo potrdili v Sloveniji.
Eta – B.1.525
Genetska različica B.1.525 vsebuje naslednje značilne mutacije: Q52R, E484K, Q677H, F888L. Različica je najbolj razširjena v Nigeriji, na Danskem, v Združenem kraljestvu in Združenih državah Amerike. V dvaindvajsetem presejalnem obdobju različice nismo potrdili v presejalnem testiranju v Sloveniji. Do sedaj smo potrdili različico B.1.525 v skupno 23 vzorcih iz Osrednjeslovenske, Jugovzhodne, Savinjske in Zasavske regije.
Jota – B.1.526
Za genetsko različico B.1.526 so značilne mutacije: L5F, T95I, D253G, E484K, D614G, A701V. Različica je razširjena predvsem v New Yorku, Združene države Amerike. Genetske različice B.1.526 do sedaj nismo potrdili v Sloveniji.
Kapa – B.1.617.1 – Indijska različica
Indijska različica B.1.617.1 vsebuje naslednje značilne mutacije: L452R, E484Q, D614G, P681R, Q1071H. V dvaindvajsetem presejalnem obdobju različice nismo potrdili v presejalnem testiranju v Sloveniji. Do sedaj smo potrdili 1 vzorec z indijsko genetsko različico B.1.617.1 pri osebi, ki se je vrnila iz tujine.
Genetska različica B.1.1.318
Za genetsko različico B.1.1.318 so značilne mutacije: T95I, del144, E484K, D614G, P681H, D796H. Različico so do sedaj dokazali v Združenem kraljestvu, v Švici in v Združenih državah Amerike. V dvaindvajsetem presejalnem obdobju genetske različice B.1.1.318 v Sloveniji nismo zasledili s presejalnim testiranjem, smo pa različico dokazali v vzorcu bolnika, s stalnim prebivališčem v tujini, pri katerem smo okužbo potrdili 27.5.2021 in je bil sekveniran po indikaciji epidemiologov. Do sedaj smo potrdili različico B.1.1.318 v skupno 10 vzorcih iz Osrednjeslovenske, Posavske in Zasavske regije.
Genetska različica B.1.258.17
Evropska linija B.1.258.17 vsebuje naslednje značilne mutacije: N439K, D614G, V772I. Genetska različica se je v Sloveniji razširila v drugem valu epidemije. Drugače pa je razširjena še v Švici (9%), Nemčiji (9%), na Švedskem (6%) in v Avstriji (2%). S prevladovanjem angleške genetske različice v Sloveniji, se odstotek vzorcev s to različico zmanjšuje, tako smo v dvaindvajsetem presejalnem obdobju potrdili to genetsko različico v manj kot 1 % vzorcev. Do sedaj smo različico B.1.258.17 v presejalnem testiranju potrdili v skupno 1276 vzorcih.
Genetska različica A.27
Za genetsko različico A.27 so značilne mutacije: L18F, L452R, N501Y, A653V, H655Y, D796Y, G1219V. Različica je najbolj razširjena v francoski čezmorski skupnosti Mayotte, zabeležili pa so jo tudi v Združenem kraljestvu, na Nizozemskem, Danskem in v Turčiji. V dvaindvajsetem presejalnem obdobju različice nismo potrdili v presejalnem testiranju v Sloveniji. Do sedaj smo potrdili različico A.27 v skupno 31 vzorcih iz Osrednjeslovenske, Jugovzhodne in Obalno-kraške regije.
Okužbe po cepljenju proti COVID-19
Od 24.2.2021 do 01.6.2021 smo v sodelovanju z NIJZ sekvenirali 207 genomov SARS-CoV-2 po okužbi pri osebah, ki so bile cepljene. Od tega sta bili 102 osebi več kot 2 tedna po cepljenju z 2 odmerkoma cepiva Comirnaty (BioNTech/Pfizer), 3 osebe so bile cepljene s cepivom Moderna COVID-19 in 102 osebi več kot 3 tedne po cepljenju z 1 odmerkom Vaxzevria (AstraZeneca/Oxford).
Pri cepljenih smo dokazali genetske različice, ki so pogoste v Sloveniji (B.1.258.17, B.1.1.7, A.27, B.1.1.70 in B.1.1.318) v približno enakem deležu, kot se pojavljajo v ostali populaciji.
