Iskanje angleškega seva (VUI 202012/01) SARS-CoV-2 v Sloveniji

Na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo, Medicinske fakultete, Univerze v Ljubljani, smo že v prvem valu pandemije SARS-CoV-2 analizirali genome virusov, ki so se širili po Sloveniji. Ugotovili smo, da imamo več virusnih variant, med katerimi pa, glede na dostopne informacije, ni bilo bistvenih razlik v virulentnosti. Za namen iskanja variante VUI 202012/01 smo razvili algoritem za odkrivanje virusih variant v setih sekvenčnih podatkov. Tako smo analizirali 290 virusnih genomov, ki smo jih potrdili pri preiskovancih v osrednjeslovenski regiji med 12. oktobrom in 13. decembrom 2020. V vzorcih smo potrdili mutacijo D614G, ki smo jo zaznali že v prvem valu pandemije, ter dve dodatni deleciji v zapisu za beljakovino S (del 69-70 in del144; tudi slednja je že bila pri nas prisotna tekom prvega vala). Ostalih mutacij značilnih za novi sev VUI 202012/01 (N501Y, A570D, P681H, T761I, S982A, D1118H) nismo odkrili. Na podlagi izbora vzorcev ter kakovosti in celovitosti podatkov, pridobljenih s sekvenciranjem virusnih genomov, ocenjujemo , da angleški sev VUI 202012/01 v osrednjeslovenski regiji ni bil prisoten vsaj do začetka decembra 2020. Glede na trenutno epidemiološko sliko na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo intenzivno spremljamo razvoj in pojav novih sevov virusa SARS-CoV-2.