Raziskovalna skupina Inštituta za mikrobiologijo in imunologijo, Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani že od začetka pandemije covid-19 sistematično spremlja genomsko raznolikost virusa SARS-CoV-2 ter genomsko opredeljuje različice virusa SARS-CoV-2, ki se širijo v Sloveniji. Od marca do konca maja 2020 smo določili nukleotidno zaporedje skupno 106 celotnih genomov virusa SARS-CoV-2 iz prvega vala epidemije, oz. 7,2 % od vseh PCR-pozitivnih vzorcev v Sloveniji.
Od začetka oktobra 2020 redno in sistematično spremljamo pojav in razvoj novih različic SARS-CoV-2 v drugem valu epidemije.
V peto presejanje virusih različic SARS-CoV-2 drugega vala epidemije z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili skupno 383 vzorcev (12,6 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 23. 01. 2021 in 31. 01. 2021. Od tega je bilo 67 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 15 % iz Goriške regije, 3 % iz Jugovzhodne, Posavske, Zasavske in Obalno-kraške regije ter po 1 % iz Gorenjske, Podravske, Pomurske in Savinjske regije. Sedem vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.
Naš originalni algoritem presejanja, ki temelji na sekveniranju, omogoča hkratno zaznavo vseh znanih pomembnih mutacij, prisotnih v vseh znanih svetovnih različicah virusa SARS-CoV-2 z možnim večjim pandemijskim potencialom in različicah, ki povzročajo slabšo učinkovitost trenutnih cepiv. Naš algoritem omogočatudi takojšnjo prilagoditev za presejanje novih kandidatnih klinično pomembnih mutacij.
Angleška različica
Angleška različica (VOC 202012/01 – B.1.1.7) vsebuje naslednje značilne mutacije: del69-70, del144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različicoVOC 202012/01 – B.1.1.7, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.
V zadnjem presejalnem obdobju smo našli vse mutacije značilne za angleško različico v 4 skupinah vzorcev. Večina mutacij se še vedno pojavlja v zelo nizkih deležih, torej samo v posameznem vzorcu v skupini. Točno število vzorcev z angleško različico virusa bomo določili v naslednjih tednih.
V posamenih vzorcih smo angleško različico virusa (VOC 202012/01 – B.1.1.7) smo do sedaj potrdili pri petih osebah, ki so bili PCR pozitivni med 7.1. – 11.1. 2021, in so imeli pozitivno epidemiološko anamnezo za potencialni vnos angleške različice v Slovenijo (tabela spodaj).
Južnoafriška različica
Južnoafriška različica (VOC 501Y.V2 – B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: D80A, D215G, del242-245, R246I, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 501Y.V2 – B.1.351, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli. Za južnoafriškorazličico (VOC 501Y.V2 – B.1.351) značilne mutacije se v Sloveniji zaenkrat pojavljajo le v zelo nizkih deležih, in v različnih kliničnih vzorcih. Pogosteje kot v prejšnjih presejalnih obdobjih, a še vedno le v posameznih vzorcih, smo tokrat zaznali mutacijo N501Y.
Brazilska različica
Brazilska različica (IC-0561 – B.1.1248) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico IC-0561 – B.1.1248, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli. Za brazilsko različico (IC-0561 – B.1.1248) značilne mutacije se v Sloveniji zaenkrat pojavljajo le v zelo nizkih deležih, in v različnih kliničnih vzorcih.
