V četrto presejanje virusih različic SARS-CoV-2 z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili skupno 480 vzorcev (8,4 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev), ki so bili vzorčeni med 11. 01. 2021 in 24. 01. 2021. Od tega je bilo 65 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 16 % iz Goriške regije, 5 % iz Jugovzhodne, Posavske in Zasavske regije ter po 1 % iz Gorenjske, Obalno-kraške, Podravske in Savinjske regije.
Naš originalni algoritem presejanja, ki temelji na sekveniranju, omogoča hkratno zaznavo vseh znanih pomembnih mutacij, prisotnih v vseh znanih svetovnih različicah virusa SARS-CoV-2 z možnim večjim pandemijskim potencialom, kot tudi takojšnjo prilagoditev za presejanje novih kandidatnih klinično pomembnih mutacij.
Angleški sev
Angleški sev (VOC 202012/01 – B.1.1.7) vsebuje naslednje značilne mutacije: del69-70, del144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za sev VOC 202012/01 – B.1.1.7, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.
Za dokončno potrditev prisotnosti določenega seva je potrebno vse za posamezni sev značilne mutacije dokazati v istem kliničnem vzorcu. Zaenkrat smo vse specifične mutacije značilne za angleški sev (VOC 202012/01 – B.1.1.7) odkrili le v obdobju vzorčenja od 01. 01. 2020 do 14. 01. 2020 in sicer v vzorcih treh oseb, ki so imele pozitivno epidemiološko anamnezo za potencialni vnos angleškega seva v Slovenijo (tabela spodaj).
Južnoafriški sev
Južnoafriški sev (VOC 501Y.V2 – B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: D80A, del242-245, R246I, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za sev VOC 501Y.V2 – B.1.351, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli. Za južnoafriški sev (VOC 501Y.V2 – B.1.351) značilne mutacije se v Sloveniji zaenkrat pojavljajo le v zelo nizki frekvenci, in v različnih kliničnih vzorcih.
Brazilski sev
Brazilski sev (IC-0561 – B.1.1248) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za sev IC-0561 – B.1.1248, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli. Za brazilski sev (IC-0561 – B.1.1248) značilne mutacije se v Sloveniji zaenkrat pojavljajo le v zelo nizki frekvenci, in v različnih kliničnih vzorcih.
