Spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji: 10. 7. 2023 – 23. 7. 2023

V stopetindvajseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili 15 vzorcev (94 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 10. 07. 2023 in 23. 07. 2023. Izmed teh je bilo 40 % vzorcev iz Osrednjeslovenske regije, 20 % iz Obalno-kraške regije, 13 % iz Zasavske regije in po 7 % iz Gorenjske, Jugovzhodne ter Posavske regije. En vzorec je pripadal osebi, ki ima stalno prebivališče v tujini.

Zaradi stabilne epidemiološke situacije in izginotja prvotnih različic omikrona BA.2, BA.4 in BA.5, ECDC od 3. marca 2023 na seznam zaskrbljujočih variant trenutno ne uvršča nobenih linij SARS-CoV-2.

V stopetindvajsetem presejalnem obdobju, tedna 28/2023 in 29/2023, smo različico omikron potrdili v vseh vzorcih.

Slika 1. Razporeditev posameznih genetskih različic omikrona dokazanih v 28. in 29. tednu 2023. Zunanji obroč prikazuje posamezne dokazane različice z izpisom imena tistih, ki so bile prisotne v deležu ³ 1 %. Notranji obroč prikazuje starševsko linijo. Kategorija RKM predstavlja delež različic nastalih z rekombinacijo.

Slika 2. Delež posameznih podrazličic omikrona potrjenih v celotnem obdobju presejalnega testiranja od pojava B.1.1.529 v Sloveniji dalje.

Nadzor nad rekombinantnimi različicami XBB

ECDC od 8. decembra 2022 med različice, ki se podrobneje spremljajo (»Variants of Interest« – VOI) vključuje tudi različico XBB, ki je nastala z rekombinacijo linij BJ.1 (BA.2.10.1.1) in BM.1.1.1 (BA.2.75.3.1.1.1). Med pod-različicami XBB se posebej spremlja XBB.1.5 zaradi hitrega naraščanja primerov.

Tabela 1: Prikaz števila posameznih različic XBB dokazanih na IMI do vključno 23.07.2023.

Poročilo IMI: 10. 7. 2023 – 23. 7. 2023