Laboratorij za diagnostiko COVID-19 (COV)

Spremljanje različic SARS-CoV-2

V laboratoriju za dioagnostiko COVID-19 skrbimo tudi za sistematično genomsko opredeljevanje virusa SARS-CoV-2. V okviru laboratorija smo razvili izvirni algoritem presejanja virusih različic z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekvenciranje). Algoritem nam omogoča hkratno zaznavo vseh pomembnih mutacij v različicah virusa in s tem sistematično spremljanje genomske raznolikosti virusa SARS-CoV-2 ter genomskega opredeljevanja različic virusa SARS-CoV-2, ki se širijo v Sloveniji.  S tem zagotovimo takojšnjo prilagoditev za presejanje novih kandidatnih klinično pomembnih mutacij.

Na IMI smo od začetka pandemije določili več kot 45.000 zaporedij SARS-CoV-2, podatki so prikazani v Preglednici 1, kar predstavlja polovico vseh virusnih zaporedij SARS-CoV-2 določenih v Sloveniji (Slika 1). Vsa pridobljena zaporedja so naložena v podatkovni bazi GISAID. Za posamezno obdobje sproti objavljamo strokovna POROČILA.