Ciljni raziskovalni projekt (CRP)
Virus SARS-CoV-2 je povzročitelj bolezni COVID-19 o kateri so prvič poročali na Kitajskem konec leta 2019. V nekaj mescih se je virus močno razširil po vsem svetu zato je Svetovna zdravstvena organizacija marca 2020 razglasila pandemijo, ki trenutno globalno beleži več kot 16 milijonov okužb in okoli 650 tisoč smrtnih primerov. V pandemiji je dosledno epidemiološko spremljanje bolezni COVID-19 temelj učinkovitega delovanja zdravstvene in epidemiološke službe. Le-ta omogoča pravočasno zaznavo pozitivnih primerov v državi in z uvajanjem preventivnih ukrepov učinkovito preprečuje širjenja okužbe v populaciji ter zmanjšuje tveganje za javno zdravje. Načini spremljanja nalezljivih bolezni vključujejo epidemiološko spremljanje posameznih primerov in kazalnikov, epidemiološko spremljanje dogodkov, povezanih z nalezljivimi boleznimi, in epidemiološko preiskavo. Glavna omejitev epidemiološkega anketiranja je zanesljivost podatkov, ki jih pridobimo od okuženih oseb. Zato bomo v raziskavi poleg analize epidemioloških podatkov proučili popolne virusne genome pozitivnih oseb. Dobili bomo objektivne informacije o izvoru virusa, načinu in poti njegovega širjenja, kar omogoča odkrivanje povezav med na videz ločenimi primeri in primeri z nejasnim izvorom okužbe. Cilj projekta je primerjava molekularnih in epidemioloških podatkov pozitivnih primerov in prepoznava primerov z nejasnim epidemiološkim izvorom. Za okužbo s SARS-CoV-2 je nujno potrebna zanesljiva mikrobiološka diagnostika, ki temelji na molekularnem dokazovanju virusne RNA in na ugotavljanju specifičnih protiteles. Na tržišču je več kot 180 komercialnih molekularnih testov in 60 različnih testov za dokaz specifičnih protiteles, ki se poleg občutljivosti in specifičnosti razlikujejo tudi po kompleksnem načinu izvedbe, času do rezultata, ceni in dostopnosti. Cilj našega projekta je strokovno ovrednotiti razpoložljive metode tako za neposredno, kot tudi posredno dokazovanje virusa SARS-CoV-2 na vzorcih bolnikov, kjer poznamo epidemiološke in klinične podatke, kar bo dovoljevalo izbor tistih metod, ki zagotavljajo zanesljive rezultate v najkrajšem možnem času za veliko število vzorcev. V diagnostiko okužb s SARS-CoV-2 nameravamo vpeljati tudi kombiniran pristop, kjer bomo ugotavljali natančno dinamiko virusnega bremena v različnih kliničnih vzorcih bolnikov ter proučevali razvoj in trajanje specifičnih in nevtralizacijskih protiteles. Cilj te naloge projekta je usmerjen v pridobitev podatkov, ki bodo imeli neposreden vpliv na obravnavo bolnikov, dokazovanje okužbe pri le-teh, izbiro pravilnih kužnin za dokazovanje virusne okužbe in preprečevanje širjenja okužbe. S tem bomo pridobili strokovno podlago pri odločanju o dolžini karantene in ponovnem vračanju bolnikov v socialno življenje. Kljub temu, da za okužbo s SARS-CoV-2 ni na voljo učinkovitega specifičnega zdravljenja, je v kliničnem preizkušanju več različnih pristopov zdravljenja. Za oceno učinkovitosti zdravljenja je poleg poteka in izhoda bolezni pomembno tudi natančno spremljanje mikrobioloških laboratorijskih dejavnikov. Zato bomo v projektu analizirali virusno breme (višino in trajanje) ter dinamiko protitelesnega (višina, trajanje in razvoj nevtralizacijskih protiteles) odziva pri bolnikih, ki so prejeli različna zdravila v primerjavi z nezdravljenimi bolniki. Okužbe s SARS-CoV-2 se lahko prenašajo tudi preko stikov s površinami predhodno kontaminiranimi z izločki dihal. Za učinkovito preprečevanje bolnišničnih okužb je tako ključnega pomena prepoznavanje potencialno kontaminiranih površin in opredeljevanje kritičnih točk v preprečevanju prenosa virusa s površin na ljudi. Z molekularnimi metodami bomo ugotavljali prisotnost SARS CoV-2 na potencialno kontaminiranih površinah v bolnišničnih prostorih, s poskusom izolacije na celičnih kulturah bomo preverjali viabilnost virusa. O rezultatih projekta bomo različne deležnike sproti obveščali. Usklajeno komuniciranje po vnaprej določenih protokolih namreč omogoča večjo učinkovitost pri doseganju ciljev.